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文献检索和管理技巧(一)

  • 晋川
Medical Research & Publication   2015;1(1):9-11

doi: 10.14218/MRP.2015.006

Published online:

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EndNote 对于科技工作者来说是再熟悉不过的软件了,其主要有两大用途:①管理文献:即通过建立本地数据库的方式实现文献的离线管理;②文献编排:在论文写作时,采用 EndNote 对参考文献进行排版,可以不用担心参考文献排错、排重和格式不一致的情况。

据笔者观察,很多同行虽然可以使用 EndNote 进行一些基本操作,但是对一些高级功能的挖掘往往不够深入,以至于常常走一些弯路,浪费了时间和精力。比如,很多朋友就曾向笔者反映,他们在将参考文献导入 EndNote 时,每次只能根据标题或者PMID 号将检索到的文献逐篇导入EndNote 中,操作起来十分繁琐。

在此,笔者拟图解如何将PubMed 中的文献批量导入EndNote。比如某研究者欲检索曹雪涛教授发表的论文,在PubMed 中输入“cao xuetao”,得到如下结果,如图1 所示。

图1  

如果将这么多篇文献逐一导入的话,估计要三个小时才能完成。那么,有没有办法将这些文献批量导入EndNote 呢?或者是仅仅只需要导入这些文献中的一部分文献呢?办法当然是有的,EndNote 的设计者也想到了这个问题,要不然EndNote 也不会成为世界上最好的文献管理软件之一。具体操作过程为:

生成输出文件

在这240 篇文献中,假定您只想导入第1 和第3 篇,则只需要在文献序号1 和3 上面的方框中打个勾,PubMed 会认为您选中了这两篇文献,而假定您想将240 篇文献全部导入,就可以直接进行以下操作:

点击界面中的Sendto,在弹出的菜单中点击File,之后在Format 菜单中点击 MEDLINE,再点击Create File。这样PubMed就会自动下载一个文本文件到本地电脑,文件默认名字是pubmed_results.txt。这里需要注意的是,在Format 中一定要选择Medline,千万不要选其它格式,如图2 所示。

图2  

导入EndNote

打开自己的EndNote数据库,准备导入文件。这里假定拟新建的EndNote数据库叫“MJD示例”。在菜单中依次点击File→Import→File,如图3

图3  

此时会弹出一个菜单(图4):这里就十分关键了,先点击Import File 后面那个Choose,选中刚才从PubMed中下载下来的txt文件。记住在Import Option中一定要选择PubMed(NLM),有时这个地方默认的不是PubMed(NLM),则需要在下拉菜单中找到Other Filters,之后再在众多的选项中找到PubMed(NLM),根据笔者的经验,只要用过一次PubMed(NLM),这个选项就会自动保留在下拉菜单中。

图4  

下面的Duplicates选项也十分关键,下拉菜单中共有三个选项:Import All 、Discard Duplicates和Import Into Duplicate Library。实际上就是让你选择:当输入的文献已经存在于原数据库时,怎么处理这些重复文件。一般建议选DiscardDuplicates,即不要导入与原数据库重复的参考文献。所有的操作完成后,点击Import,得到图5

图5  

这样所有您需要的文献,已经全部被导入EndNote。接下来您就可以对文献进行分组管理和查找全文了。

也许有同行会说何必在PubMed检索到结果后再导入EndNote呢?直接在EndNote里面检索不就可以了。其实EndNote的检索功能并不是很强大,特别是其无法实现智能转化,所以一般不建议直接用EndNote检索。比如将EndNote连接到PubMed,再输入“cao xuetao”(限定为检索作者姓名),只能检索到一篇文献,不信您试试。

其实Endnote的Import功能是很强大的,能从很多数据库中批量导入参考文献。一些中文数据库也可以实现批量导入,笔者在以后的文章中会为大家进行介绍,敬请期待。